科目名[英文名]
系統分類学実験[Phylogenetic Systematics Lab]
担当教員[ローマ字表記]
小藤 累美子
[
KOFUJI, Rumiko
],
伊藤 正樹
[
ITO, Masaki
]
科目ナンバー
BIOL3335C
科目ナンバリングとは
時間割番号
45020
科目区分
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講義形態
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開講学域等
理工学域
適正人数
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開講学期
Q2
曜日・時限
月3〜5,木3〜4
単位数
1単位
授業形態
60単位上限
対象学生
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キーワード
分子進化, 形態進化, DNAの抽出, 遺伝的多型, シークエンシング, 分子配列データベース, 分子系統樹
講義室情報
（対面のみ）
開放科目
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備考
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授業の主題
全ての生物はDNAを持ち、タンパク質を作る。DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列の情報を比較することにより、全ての生物について客観的な類縁関係を調べることができる。また、明らかにした類縁関係に基づいて、外部形態などの形質を比較することにより形質進化の類推、地理的分布と比較することにより分布過程の類推、あるいは分類学的形質の再検討などを行なうことができる。
経験を通じてこのことを修得するため、本実験では植物の分子系統解析を行い、得られた系統樹を元に形質進化について類推する。
授業の目標
本実験の目標は、生物が持つ固有の分子配列情報に基づき類縁関係が推定できること、およびその背景となる概念を理解することである。さらに、分子系統樹の利用法、すなわち生物の類縁関係がわかると何がわかるかについても学ぶ。
学生の学修目標
以下のことを身につける。
・分子系統学の概念
・DNA抽出からシーケンシングまでの基本的な実験操作
・分子情報データベースの利用
・分子系統樹の作成
・分子系統樹の読み方
・科学レポートの書き方
授業概要
以下の方法で分子系統樹を作成し、植物の類縁関係を解析する。
１）植物からの全DNAの抽出
２）PCR法によるDNAの特定領域の増幅
３）シークエンシングによる塩基配列の決定
４）NCBIのウェブサイトでの分子配列データの検索および取得
５）アライメントの作成および分子系統樹の作成
実習終了後に配付資料を参照してレポートを作成し、提出する。
日程
第１回 導入
第２回 植物からの全DNAの抽出１
第３回 植物からの全DNAの抽出２
第４回 PCR法によるDNAの特定領域の増幅１
第５回 PCR法によるDNAの特定領域の増幅２
第６回 シークエンシングによる塩基配列の決定１
第７回 シークエンシングによる塩基配列の決定２
第８回 シークエンシングによる塩基配列の決定３
第９回 シークエンシングによる塩基配列の決定４
第１０回 NCBIのウェブサイトでの分子配列データの検索および取得１
第１１回 NCBIのウェブサイトでの分子配列データの検索および取得２
第１２回 NCBIのウェブサイトでの分子配列データの検索および取得３
第１３回 アライメントの作成および分子系統樹の作成１
第１４回 アライメントの作成および分子系統樹の作成２
第１５回 アライメントの作成および分子系統樹の作成３
評価方法と割合
評価方法
次項の項目及び割合で総合評価し、次のとおり判定する。
「Ｓ（達成度90％～100％）」、「Ａ（同80％～90％未満）」、
「Ｂ（同70％～80％未満）」、「Ｃ（同60％～70％未満）」を合格とし、
「不可（同60％未満）」を不合格とする。（標準評価方法）
評価の割合
【一連の実験を行うため皆出席することを原則とする】
・100 ％ レポート
授業時間外の学修に関する指示
予習に関する指示
実験テキストおよび配布資料を読んでから授業に参加してください。
予習に関する教材
復習に関する指示
復習に関する教材
教科書・参考書
教科書・参考書補足
実験テキストを授業開始時に配布する。
オフィスアワー等（学生からの質問への対応方法等）
小藤（kofuji@staff.kanazawa-u.ac.jp 1B212号室）
履修条件
特になし
特記事項
特になし
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